אחרי שראינו איך פותחים עוסק פטור ברשויות המס יש לתת את הדעת על ניהול ספרי חשבונות של העסק, מאחר שאלו בבחינת חובה על פי הוראות פקודת מס הכנסה וחוק מע"מ.
על פי פקודות אלו חייב העוסק הפטור לנהל פנקסי חשבונות מרגע פתיחת העסק, כאשר ניהול פנקסי החשבונות חייבים להיות מנוהלים על פי הכללים הקבועים בחוק.
בין היתר, ניהול פנקסי חשבונות מתייחסים למה שאנחנו מכנים חשבוניות וקבלות. עוסק פטור מוציא רק קבלות עבור כל הכנסה (תקבול) שהוא קיבל והקבלה חייבת להיות כתובה על פי הכללים. ניתן להשתמש בתוכנה להנהלת חשבונות או
תוכנת חשבוניות המאפשרות אוטומציה של קבלות תקינות. בתוכנת הנהלת חשבונות ניתן להפיק קבלות עם כל הפרטים הדרושים, לרבות: מספר סידורי עוקב של קבלות, שם העסק, כתובת, טלפונים, מהות/תיאור העסקה, שם הלקוח, טלפון של הלקוח, כמות פריטים, מחיר כל פריט, כיצד עבר הכסף לבית העסק (העברה בנקאית, שיק, אשראי וכו') ועוד. כמו כן, תוכנות הפקת חשבוניות אונליין באינטרנט כוללות גם חתימה דיגיטלית, המאושרת כחתימה חוקית על ידי רשויות המס בישראל.
ניהול ספרי חשבונות כולל גם רישום מתמיד וקבוע של הוצאות בית העסק. יש לנהל רישום מסודר של ההוצאות מיד עם הוצאתן. רישום מעקב זה חשוב מאחר שבסוף השנה יקוזזו ההוצאות מן ההכנסות.